Компания Parseq Lab (Санкт-Петербург) при сотрудничестве с ФГБУ «НИИ (Научно-исследовательский институт — самостоятельное учреждение, специально созданное для организации научных исследований и проведения опытно-конструкторских разработок) гриппа им А.А. Смородинцева» Минздрава Рф разработала первую русскую тест-систему для секвенирования полного генома коронавируса SARS-Cov-2. Высокотехнологичное решение дозволит следить за переменами генома вируса и оперативно реагировать на их. Разработка проводилась в рамках Русского консорциума по секвенированию геномов коронавирусов (CoRGI). В разработку и связанные с ней проекты было проинвестировано около 12 млн. руб. До конца года будет расшифровано 700 полных геномов.
По всему миру продолжают выявлять случаи инфецирования вирусом SARS-CoV-2, вызывающим COVID-19. Когда вирус интенсивно распространяется, он безпрерывно мутирует – потому главную роль в борьбе играют исследования. Ведь конфигурации генома вируса оказывают прямое воздействие как на эффективность создаваемых вакцин и применяемых способов диагностики и исцеления, так и на его вирулентность и трансмиссивность. Надзирать ситуацию посодействуют грамотный мониторинг генетических конфигураций и своевременная передача данных в общую международную базу EpiCoV GISAID.
На нынешний денек обычным методом диагностики COVID-19 остаётся способ полимеразной цепной реакции (ПЦР). В процессе ПЦР нарабатываются специальные недлинные участки вирусного генома – таковым образом можно найти находится ли в исследуемом образчике вирус. Высокоспецифичные ПЦР тест-системы были разработаны благодаря данным, приобретенным в итоге расшифровки генома возбудителя способом секвенирования. Метод дозволяет определять последовательность нуклеотидов в геноме вируса, что делает высокопроизводительное секвенирование новейшего поколения (NGS, MPS) неподменным способом для исследования изменчивости SARS-CoV-2.
Секвенирование генома вируса является принципиальной прикладной задачей: так, в 2020 году Центр по контролю и профилактике болезней США (Соединённые Штаты Америки — государство в Северной Америке) выделил на поддержку программки секвенирования SARS-CoV-2 практически 9 миллионов баксов. Не считая денежной поддержки, центр официально рекомендовал употреблять способ для доказательства случаев повторного инфецирования.
В Рф исследования геномов коронавируса также проводятся – в рамках Русского консорциума по секвенированию геномов коронавирусов. Объединение было сотворено в летнюю пору 2020 года по инициативе ФГБУ «НИИ (Научно-исследовательский институт — самостоятельное учреждение, специально созданное для организации научных исследований и проведения опытно-конструкторских разработок) гриппа им А.А. Смородинцева» Минздрава Рф. Сейчас данные собираются из 36 регионов Рф и добавляются в международную базу данных EpiCov GISAID.
Посреди более фаворитных и нередко применяемых протоколов секвенирования – ARTIC Network. Но из-за того, что протокол опирается на реагенты забугорных производителей с продолжительными сроками поставки, значительно мучается оперативность проведения схожих исследовательских работ. К тому же ARTIC Network несовершенен – глубина покрытия генома SARS-CoV-2 часто оказывается неравномерной, что понижает свойство данных о неких областях.
«Тест-система Parseq Lab за счет использования большего количества наиболее маленьких ампликонов по сопоставлению с ARTIC Network дозволяет достигнуть наиболее равномерного покрытия генома. Необходимо подчеркнуть, что на пуск с одним и этим же объемом данных тест-система Parseq Lab дозволяет проанализировать больше образцов», – отмечает Андрей Комиссаров, заведующий лабораторией молекулярной вирусологии ФГБУ «НИИ (Научно-исследовательский институт — самостоятельное учреждение, специально созданное для организации научных исследований и проведения опытно-конструкторских разработок) гриппа им А.А. Смородинцева» Минздрава Рф.
При разработке новейшей тест-системы компания Parseq Lab ставила цель очень покрыть геном вируса SARS-Cov-2 и стандартизировать анализ данных. Для этого нужно было сделать набор реагентов и создать особое программное обеспечение для обработки данных. В поиск решения врубились молекулярные генетики, биоинформатики и программеры. Итогом стала новенькая тест-система VariFind™ SARS-Cov-2 assay, которая была опробована на базе ФГБУ «НИИ (Научно-исследовательский институт — самостоятельное учреждение, специально созданное для организации научных исследований и проведения опытно-конструкторских разработок) гриппа им А.А. Смородинцева». Новое высокотехнологичное решение показало фактически полное и равномерное покрытие всего генома вируса и позволило в 2 раза прирастить количество сразу анализируемых образцов, сократив временные издержки на анализ.
Для работы с геномом SARS-Cov-2 было принято решение употреблять приспособленное программное обеспечение (ПО (то есть программное обеспечение — комплект программ для компьютеров и вычислительных устройств)) VariFind™ Software. Ранее его употребляли в тест-системах Parseq Lab для анализа данных генома человека. За этот период времени программное обеспечение показало себя высококачественным и надёжным. VariFind™ Software дозволяет сглаживать результаты секвенирования на референсный геном изолята Wuhan-Hu-1 и обнаруживать мутации в исследуемых образчиках. ПО (то есть программное обеспечение — комплект программ для компьютеров и вычислительных устройств) поможет значительно облегчить труд учёных по обработке данных и подвести анализ под единые методы и эталоны. Такое решение обязано поспособствовать внедрению секвенирования новейшего поколения геномов SARS-CoV-2 в разные научные и диагностические учреждения и лаборатории Рф.
Источник: